Ir para o conteúdo

Tamanho de fragmento de DNA pela migração no gel (curva do marcador)

Informe as distâncias e os tamanhos das bandas do marcador e a distância da amostra: veja a equação da reta, o R² e o tamanho estimado do fragmento.

  • Roda no seu navegador

Entrada

0 de 20.000 caracteres

Distâncias das bandas do marcador, de 2 a 1000 números, separados por quebra de linha ou ponto e vírgula.

0 de 20.000 caracteres

Tamanhos conhecidos, na mesma ordem das distâncias; precisam ser maiores que zero.

Transformação

Para o gel, use a semilogarítmica (log10 de y contra x).

0 de 40 caracteres

Opcional: a distância da amostra, para estimar o tamanho do fragmento.

De 0 a 10 casas (padrão 4).

Arredondamento do meio

Como arredondar quando o dígito seguinte é exatamente 5.

Resultado

O resultado aparece aqui.

Como o tamanho é estimado

Em um gel de eletroforese, o logaritmo do tamanho dos fragmentos do marcador cai em linha reta com a distância percorrida. Informe a distância migrada de cada banda do marcador (por exemplo, em milímetros) e o tamanho conhecido em pares de bases, escolha a transformação semilogarítmica e digite a distância da sua amostra: a ferramenta ajusta a reta por mínimos quadrados e estima o tamanho do fragmento.

log10(tamanho) = intercepto + inclinação × distância; tamanho estimado = 10 elevado a (intercepto + inclinação × distância da amostra)

Exemplo: marcador de cinco bandas

Com bandas a 12, 18, 25, 31 e 40 mm para 1500, 900, 500, 300 e 150 pb, a reta é log10(y) = 3,5997 - 0,0358·x, com R² de 0,9995. Uma amostra que migrou 20 mm tem tamanho estimado de 763,6304 pb.

Cuidados

  • Use só amostras dentro da faixa de distâncias do marcador: fora dela, a estimativa é extrapolação e pouco confiável. A ferramenta não faz esse aviso por você.
  • Uma previsão por vez: digite a distância da amostra no campo de previsão e repita para as outras.
  • R² baixo indica que o gel migrou de forma irregular ou que algum ponto foi digitado errado.
  • Os tamanhos precisam ser maiores que zero; o logaritmo é de base 10.

Perguntas frequentes

Como estimar o tamanho de um fragmento de DNA pela migração no gel?

Ajuste a reta de log10 do tamanho contra a distância das bandas do marcador e aplique-a à distância da amostra: no exemplo, 20 mm dão 763,6304 pb.

Como fazer a curva do marcador de peso molecular?

Informe as distâncias e os tamanhos das bandas do marcador na transformação semilogarítmica: a reta e o R² saem na hora.

Qual o r2 da curva do marcador?

Aparece no resultado: no exemplo, 0,9995. Um R² baixo indica migração irregular ou ponto digitado errado; fora da faixa do marcador a estimativa deixa de ser confiável.

Na mesma bancada